Créé en 1987 par Steven Wilson à Hemel Hempstead (Sud-Est de l'Angleterre) en tant que délire psychédélique plus que comme vrai groupe à part entière, Porcupine Tree fut d'abord une soi-disant formation légendaire des années 70 nommée The Porcupine Tree, bien que ce fut en faite une invention totale.

En 1989, Steven Wilson décide cependant d'enregistrer de la musique pour donner vie à ce projet qui devient alors de plus en plus "sérieux". Porcupine Tree signe sur le label Delerium, également éditeur du magazine Freakbeat et dont le responsable s'était montré intéressé par les compositions du "groupe". Cela débouchera finalement sur l'album On The Sunday Of Life en 1991, qui aura un relatif succès (en 2000, l'album s'était vendu à 20000 copies et il fut rapidement sold out à sa sortie).

Steven Wilson va alors faire évoluer la musique de Porcupine Tree vers un rock progressif plus moderne. En 1993, un véritable line-up se créé avec l'arrivée de Richard Barbieri aux claviers, de Colin Edwin à la basse et de Chris Mailand à la batterie. Ce dernier restera dans le groupe jusqu'en 2002, où il sera remplacé par Gavin Harrison, mis à part ça, la composition de PT est demeurée identique.

Porcupine Tree commence à devenir une valeur montante de la musique underground et progressive au fur et à mesure de ses sorties et de ses tournées, bénéficiant d'une réputation de plus en plus importante. A partir de l'album Stupid Dream, les Britanniques confirmeront définitivement une approche plus "conventionnelle" et moins expérimentale de leurs compositions. L'album Lightbulb Sun les voit même flirter avec des sonorités proches d'un rock plus lourd, voire du metal fait sans précédent dans leur discographie mais qui ne sera que confirmé par la suite, Steven Wilson s'affranchissant de plus en plus de ses premières amours psychédéliques et 70's et revendiquant son goût pour des formations comme Dream Theater, Opeth, Tool, Gojira ou encore Mastodon.

2005 est une année charnière pour Porcupine Tree avec la sortie de Deadwing, qui est un grand succès et voit notamment apparaître dans ses "guests" Mikael Åkerfeldt (Opeth), un grand ami et admirateur de Steven Wilson. Ce dernier a d'ailleurs participé aux albums Blackwater Park, Deliverance et Damnation de la formation suédoise en les produisant mais aussi en y enregistrant des parties vocales, de guitare et de claviers. Fort de ce succès, les Anglais annoncent en 2006 leur signature avec Roadrunner, qui leur garantit pour la première fois une réelle distribution mondiale.

En 2007, Porcupine Tree confirme son nouveau statut avec un Fear Of A Blank Planet qui le révèle aux yeux du "grand public" (tout reste relatif...). The Incident, en 2009, sera un disque au format inattendu puisqu'il s'agit d'un double album dont le 1er disque n'est composée que d'une seule chanson éponyme, longue de près d'une heure et divisée en 14 chapitres.