Suite à son éviction du groupe Dream Theater en 1999, le claviériste Derek Sherinian entreprend de former "le groupe instrumental le plus barré au monde".
C'est durant l'enregistrement de son album solo intitulé Planet X que Sherinian recrute Virgil Donati en tant que batteur. Cet acte initiateur est fortement marqué dans l'histoire du groupe puisque ledit groupe a souhaité emprunter son nom à l'album via lequel Sherinian a pu réellement voir débuter son projet.
Peu de temps après,
Tony MacAlpine viendra rejoindre les rangs en tant que guitariste.
De cette union, naît un premier album, Universe, en 2000, qui peut-être considéré comme le descendant direct de l'album solo Planet X, ce qui sous-entend, bien entendu, que cette création s'inscrit dans un metal progressif instrumental aux penchants jazz fusion incontestables – et incontestés.
Le supergroupe sort, dans la foulée, un album
live,
Live from Oz (en 2002), et deux albums studios, MoonBabies en 2002 et Quantum en 2007.