Après le split d'un groupe français nommé Autopsy (Thrash Death), Malleus Maleficarum voit le jour en 1997.

En 1999, le groupe sort sa première démo 2 titres, limitée à 300 exemplaires. La démo ets alors orienté plus vers un Death/Thrash que vers un Black Metal plus cru et brutal comme on le connaîtra par la suite.

En 2000, le groupe sort sa seconde démo sur CD-R, limitée à 150 copies. Cette démo, Zarach'Baal'Tharagh, montre un changement d'orientation musicale, en effet, le son se révèle bien plus Black Thrash Old School.

En 2002 sort le premier album du groupe, Taedium Vitae, un pur album de Black Metal violent.

C'est en 2004 que sort le superbe Des Bibles, Des Hymnes, Des Icônes...

En 2006, Nothing Left To Fight For sera le dernier album en date, le groupe n'a rien ressorti depuis.