Maleficentia a été fondé en juin 1998 par Aragoth de Mausoleum qui souhaitait intégrer des synthés dans sa musique.
Il fut très vite rejoint par Molkhor de Garwall (batterie), Camazoth (guitare), Nergal (basse) et Lolth (clavier). Puis la formation fut complétée par Balrog de Genital Grinder au chant.
En octobre 1999, Maleficentia entre au studio Awake et un premier album, Born of Steel and Fire, vit le jour au printemps de l'annee 2000 grâce à l'association Everlasting.
Après une petite série de concerts, le groupe change de line-up en octobre 2000 avec le départ de Lolth, Camzoth, Nergal et Balrog.
En novembre 2000, Arpad intègre le groupe en tant que claviériste.
En mai 2001, Daevhorn d'Ave Tenebrae vient remplacer Balrog au chant puis, en juin, Ashragon et Svarog de COLLAPSUS héritent respectivement des guitares et de la basse.
Avec ce nouveau line-up, Maleficentia sortira son second album, Under the Banner of Suffering, chez Melancholia Records en mai 2003.
Suite au départ en avril 2004 d'Ashragon et de Svarog, Daevhorn décide d'assurer les parties de guitare. Le groupe recrute Ayperos de Spectrums of Oblivion comme bassiste en février 2005.

Maleficentia, compose alors son troisième album, Revelation From The Ancestral Whisper affirmant plus que jamais un retour aux sources du brutal tout en gardant les nappes lyriques des précédentes réalisations.