Brandon Boyd, Jose Pasillas et Mike Einziger se connaissent depuis l'enfance puisqu'ils font du skateboard dans la cours de l'école. Puis au lycée ils se mettent ensemble à la musique et forme le groupe en 1990 en s'associant à Alex Katunich. Ils n'ont alors que 15 ans

A leur début ils interprètent leur groupes préférés comme Metallica et Megadeth. En 1991 c'est Mike Einziger qui trouve le nom d'Incubus alors adopté par l'ensemble du groupe. Ils se mettent alors rapidement à composer leur propres chansons et font leur représentations comme ils le peuvent d'abord dans des bars ou des salles de fêtes puis dans des salles de concert plus ou moins connues. Mais leurs concerts se joueront souvent à guichets fermés.

Entre 1995 et 1997 ils sortent leur trois premiers opus intitulés: Fungus Amongus (1995), Enjoy Incubus (1996 - 1997) et S.C.I.E.N.C.E. (1997). Ils jouent alors un style très funk et différent de se qu'ils feront par la suite.
En 1997 Gavin Koppell alias Dj Lyfe intègre le groupe et y amène un son très Hip-Hop. Il sera remplacé en 1998 par l'actuel Dj, Chris Kilmore. Le groupe joue alors en EUrope avec des groupes comme Sugar Ray, Hoobastank, 311, Far, One Minute Silence, Cold, Limp Bizkit, (hed) p.e., Snot, Soulfly, System of a Down, KoЯn et Papa Roach. Après avoir enregistré l'album "Make Yourself" en 1999, qui sera leur quatrième albym, ils repartent en tournée avec le groupe Primus.

Ils connaissent leur grand succès avec la sortie de l'album "When Incubus Attacks Volume 1" en 2000 qui permet à "Make Yourself" de devenir disque de platine avec deux millions d'exemplaires vendus. Il seront suivi de près par l'album "Morning View" sorti en 2001.

En 2002 ils repartent en tournée avec le groupe Hoobastank qui se soldera par le départ du bassiste Alex Katunich remplacé peu de temps après par Ben Kenney.

Par la suite ils enregistrent les albums A Crow Left of the Murder (2004) et Light Grenades (2006), et sortent un albium de compilations "Monuments And Melodies" (2009).