Le groupe se forme aux alentours de 1993, en Allemagne. La chanteuse Sandra Nasic sera la dernière à rejoindre la formation, Guano Apes galèrera encore un peu jusqu'à ce qu'il gagne le "Local Heroes 2006", un concours organisé par la chaîne TV musicale allemande Viva 2, le gros lot étant l'enregistrement d'un album. Direction les Horus Studio avec le célèbre producteur Wolfgang Stach.

Le premier album voit le jour en 1997 : Proud Like A God connait un départ poussif, mais les singles font rapidement leur petit effet, porté par des clips efficaces (et souvent drôles). Les USA, en pleine vague neo, réservent un très bon accueil aux Allemands. Fort de ce succès, le groupe enchaîne les tournées et retourne en studio pour accoucher de Don't Give Me Names en 2000, disque propulsé par le single pétillant, Big In Japan, reprise musclée d'un vieux tube des Alphaville. Nouveau gros succès. Le groupe commence à devenir important, Apocalyptica invitera même Sandra Nasic pour son album Cult.

En 2003, c'est au tour de Walking On A Thin Line d'atterrir dans les bacs, suivi l'année suivante par un album live, simplement intitulé Live !. Puis, à la surprise générale, le groupe splittera également en 2004. Les membres sont lancés dans divers projets. le fait qu'ils soient tous présentés sur le site officiel du groupe laisse à penser qu'une reformation pourrait être envisageable.