Dream Theater se forme à Boston, à l'université de musique Berklee, autour de trois étudiants : John Petrucci (guitare), John Myung (basse) et Mike Portnoy batterie. Ils seront rejoint par la suite par Kevin Moore au clavier et l'année suivante, par Chris Collins au chant. Ce dernier sera remplacé par l'expérimenté Charlie Dominici.

Le premier album, When Dream And Day Unite, voit le jour en 1989, mais passera particulièrement inaperçu ! D'un commun accord, le groupe se sépare de son chanteur et passe des auditions; C'est le Canadien James LaBrie qui est alors choisi, malgré un registre vocal plus proche de la pop que du metal. Pourtant, quand Images And Words sort en 1992, on se rend compte que ce choix était judicieux et que son timbre convient parfaitement au metal prog des Américains. Le disque est un succès colossal, une référence en la matière.

L'album Live At The Marquee est enregistré à Londres dans la foulée; Il faut dire que l'Europe a été très réceptive à la musique de Dream Theater et le nouvel album est attendu avec impatience ! Awake, en 1994, montre une approche plus froide, plus sombre du prog et mettra un certain temps avant d'être apprécié à sa juste valeur. Kevin moore annonce qu'il quitte le groupe et il sera remplacé par Derek Sherinian au look particulier. Sous sa nouvelle forme, le groupe publie d'abord l'EP A Change Of Season (dont la chanson titre de 23 minutes avait été écarté du tracklisting de Images And Words), puis l'album Falling Into Infinity (1997) qui marque le pas avec une approche bien plus molle que sur Awake. Le disque essuiera de nombreuses critiques et malgré quelques pépites, sera souvent l'un des moins aimé des fans. Cependant, DT mais tout le monde d'accord en sortant l'année suivante l'imposant Once In A Lifetime, un album live époustouflant.

Cependant, Sherinian sera remercié au profit de Jordan Rudess qui avait déjà effectué un court intérim en 1994. L'album Metropolis Part II : Scenes From A Memory est un concept album de grande envergure, mêlant prog, relents thrash et une ambiance années folles pour un disque qui connait des fortunes diverses auprès des fans. Lors de la tournée dantesque qui s'ensuivie, DT reprendra en intégralité l'album Master Of Puppets de Metallica. En 2002 sort Six Degrees Of Inner Turbulence aux accents psychédéliques. En concert, le groupe reprendra l'album The Number Of The Beast de Iron Maiden, en improvisant un Gangland en version jazz rock.

En 2003, l'album Train Of Thought ressemble à un hommage à Metallica avec des clins d'oeil soutenus (passage de Blackened, construction thrash, à la ... And Justice For All et ne plaira pas à tout le monde, pas plus que Octavarium en 2005 qui surprendra avec son côté pop, à la Muse, très prononcé. Systematic Chaos ne parviendra pas à redorer le blason de Dream Theater, qui commence sérieusement à être accusé de pilleurs de groupes par certains auditeurs et par certaines presses.

Black Clouds & Silver Linings doit voir le jour le 23 juin 2009.