Fondée en 1988 sous le nom de Necrosis, ce n'est qu'en 1992 que la formation québécoise prend le nom de Cryptopsy. Le groupe se fait remarquer dans le milieu metal underground canadien, ainsi que par le label allemand Invasion Records, qui les signe et leur permet une plus grande promotion.
Le LP "None So Vile", paru en 1996, s'imposera comme un véritable standard du genre death metal technique et propulsera Cryptopsy comme un groupe important de la scène death internationale, changement de statut qui sera consacré par la signature des Québecois chez Century Media.
Le groupe connaîtra d'assez nombreux changements de line-up, notamment dus à des divergences quant à son évolution musicale. En effet, Cryptopsy commence à incorporer des éléments jazz (notamment avec l'arrivée d'un nouveau bassiste) et donne une tournure plus progressive à sa musique (voir l'album "Whisper Supremacy").
Cryptopsy se fait donc relativement moins brutal et plus expérimental et tourne intensivement aux Etats-Unis, en Europe et en Australie.
"The Unspoken King", album sorti en 2008, sera particulièrement controversé, entre autres parce qu'il intègre du chant clair et des passages au clavier, prenant une orientation deathcore que nombre de fans des débuts jugeront "commerciale".