Bad religion est un groupe punk rock engagé et créé à Los Angeles, en Californie, en 1979 par Greg Graffin, Jay Bentley, Jay Ziskrout, et Brett Gurewitz alors amis d'enfance. En 1981, ils sortent leur premier enregistrement du même nom que le groupe sur le label punk rock indépendant Epitaph Records créé et géré par Brett Gurewitz. En 1982 le groupe sort son premier album How Could Hell Be Any Worse?, qui élargit leur audience. Durant l'enregistrement de celui-ci, Jay Ziskrout quitta le groupe et il est remplacé par Pete Finestone.

En 1983, le groupe sort l'album Into the Unknown agrémenté de gimmicks de rock psychédélique au piano. Cet album fut très impopulaire auprès des fans. Bad Religion le désavoua et en cessa même un temps la diffusion. Plus tard, l'album en question devenu un "collector", retrouve un peu de considération de la part des fans, qui le considèrent comme un bon album, bien que peu représentatif de Bad Religion. A l'heure actuelle cet album peut se vendre pour plus de 100 dollars sur eBay. En 1984, le groupe retourne à un son plus rock avec l'EP Back to the Known, mais le groupe se sépare peu de temps après.

Le groupe se reforme en 1986 et sort l'album Suffer, qui permettra aussi leur retour sur la scène punk. Cet album est considéré comme un des meilleurs du groupe.

Les albums No Control, sorti en 1989, et Against the Grain, sorti en 1991 ainsi que Generator, sorti en 1992, augmentent considérablement la popularité du groupe. Avant l'enregistrement de l'album Generator, Pete Finestone abandonna le groupe en 1991 pour se consacrer à son propre groupe. Bobby Schayer le remplacera. Puis l'album Recipe for Hate sort en 1993.

Tandis que la musique rock alternatif et la musique punk rock refont leur apparition sur le grand marché, Bad Religion abandonna Epitaph Records, pour signer avec Atlantic Records et ressortent Recipe for Hate sur ce label. En 1994, le groupe sort l'album Stranger Than Fiction, mais Gurewitz quitte le groupe à ce moment-là. Il accuse le groupe de s'être "vendu" au label Atlantic Records. De plus, Gurewitz est à ce moment dépendant à l'héroïne ainsi qu'à d'autres drogues, ce qui provoquait des tensions dans le groupe. Après avoir quitté Bad Religion, il fonda par la suite son propre groupe.

Gurewitz fut par la suite remplacé par le guitariste Brian Baker, l'un des fondateurs de groupes tels que Minor Threat et Dag Nasty. Les albums qui suivirent la venue de Baker eurent un succès moyen. A cause de leur chute de popularité, le groupe quitte Atlantic Records en 2001 et retourne chez Epitaph. Bobby Schayer dut aussi quitter le groupe en raison d'une sérieuse blessure à l'épaule. Il fut remplacé par Brooks Wackerman du groupe Suicidal Tendencies et Gurewitz rejoint à nouveau le groupe pour l'enregistrement de The Process of Belief en 2002.

En Juin 2004, The Empire Strikes First sort sur Epitaph et le groupe ressort également bon nombre de leurs albums précédents.

Le dernier album du groupe, New maps of Hell est sorti le 10 juillet 2007 aux États-Unis. Il ressort en 2008 en digipack. Et le groupe a prévu un nouvel album pour 2010.